{"id":650,"date":"2020-11-01T20:07:23","date_gmt":"2020-11-01T18:07:23","guid":{"rendered":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/?p=650"},"modified":"2022-11-30T19:29:27","modified_gmt":"2022-11-30T17:29:27","slug":"pcr","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/?p=650","title":{"rendered":"PCR"},"content":{"rendered":"

U poslednje vreme, preko medija, sve \u010de\u0161\u0107e \u010dujemo kako se govori i raspravlja o pozitivnom\/negativnom PCR testu. Na kojim principima se zasniva njegov rad i dokle se\u017eu granice njegove primene?<\/p>

PCR (Polymerase Chain Reaction) predstavlja lan\u010danu reakciju umno\u017eavanja odre\u0111enog segmenta DNK simuliraju\u0107i proces replikacije koji se normalno odvija u \u0107eliji i pri kome se od jednog molekula DNK dobijaju dva identi\u010dna.<\/p>

Koje su komponente neophodne za odvijanje reakcije? \u2013 DNK \u2013 uzorak koji se ispituje, \u2013 Nukleotidi \u2013 gradivni blokovi koji su neophodni za sintezu novih lanaca, \u2013 Prajmeri \u2013 oligonukleotidni (kratki po broju) lanci koji predstavljaju karakteristi\u010dnu komplementarnu sekvencu nukleotida koja ozna\u010dava po\u010detak odnosno kraj segmenta koji \u017eelimo da umno\u017eimo, \u2013 Taq polimeraza \u2013 enzim odgovoran za sintezu novih lanaca.<\/p>

Joni metala slu\u017ee da optimizuju reakciju, a isto va\u017ei i za variranje temperature tokom ciklusa.<\/p>

Ciklus se sastoji iz tri faze: 1. Denaturacije, u kojoj dolazi do razdvajanja lanaca DNK usled zagrevanja. Inicijalna denaturacija traje od 3 do 5 minuta, a naredne po pola minuta; 2. Hibridizacije, tj. spajanja prajmera s ciljnim segmentom, \u0161to traje do jednog minuta; 3. Polimerizacije, u kojoj Taq polimeraza pronalazi prajmere i zapo\u010dinje ugradnju nukleotida. Trajanje ove faze mo\u017ee varirati od 20 sekundi do 2 minuta u zavisnosti od du\u017eine segmenta koji \u017eelimo da umno\u017eimo.<\/p>

Kao \u0161to se vidi na slici, broj kopija segmenta DNK od interesa umno\u017eava se geometrijskom progresijom; to i jeste cilj metode: umno\u017eiti segment od interesa, kako bi postao dominantan u uzorku. Da bismo stekli uvid u mo\u0107 umno\u017eavanja uo\u010dimo da: \u2013 pre po\u010detka izvo\u0111enja metode postoji samo jedna kopija DNK, \u2013 nakon prvog ciklusa postoje 2 kopije, \u2013 nakon drugog \u2013 4, \u2013 nakon tre\u0107eg \u2013 8, \u2013 nakon desetog \u2013 1 024, \u2013 nakon dvadesetog \u2013 1 048 576, \u2013 a nakon trideset petog \u2013 34 359 738 368 kopija.<\/p>

Naj\u010de\u0161\u0107e se izvodi izme\u0111u dvadeset pet i trideset pet ciklusa; trajanje izvo\u0111enja PCR analize mo\u017eemo aproksimirati na vremenski interval od 60 do 90 minuta (iz ove ra\u010dunice izuzeto je trajanje predtretiranja uzorka, specifi\u010dne modifikacije i dodatni koraci unutar same metode, kao i administrativne procedure tokom obrade uzoraka). Ukoliko govorimo o testu na Covid-19, stvar je malo druga\u010dija: prvo se od virusne RNK pomo\u0107u enzima reverzne-transkriptaze dobija komplementarna DNK; ona se tokom ciklusa umno\u017eava pomo\u0107u prajmera obele\u017eenih fluorescentnom bojom, \u010dije svetlucanje detektuje aparat. Ukoliko je test pozitivan, kako se ciklusi smenjuju jedan za drugim, javlja se nagli porast svetlucanja (kao na slici), dok kod negativnih testova taj porast ne postoji.<\/p>

\"\"Primer rezultata pozitivnog PCR testa (izvor: Business Insider)<\/em><\/p>

Primene PCR metode, izuzev u svojstvu testa na Covid-19, sre\u0107u se naj\u010de\u0161\u0107e u molekularnoj biologiji i nau\u010dno-istra\u017eiva\u010dkom radu, u forenzici i u dijagnostici (genska testiranja i prenatalna dijagnostika).<\/p>

Lazar Novi\u0107evi\u0107<\/strong>, ro\u0111en 07.01.2002. godine u Kragujevcu, gde je zavr\u0161io osnovnu i srednju\u0161kolu kao \u0111ak generacije. Vi\u0161egodi\u0161nji polaznik seminara u IS Petnica. Trenutno je student prve godine fizike na Prirodno-matemati\u010dkom fakultetu u Kragujevcu. U slobodno vreme<\/em><\/span>bavi se \u010ditanjem, pisanjem, slikanjem, \u0161ahom i sviranjem gitare. \u010clan je Mense Srbije od januara 2020. godine, gde obavlja funkciju \u010dlana Tima za koordinisanje SIG-ova.<\/em><\/span><\/h5>","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

U poslednje vreme, preko medija, sve \u010de\u0161\u0107e \u010dujemo kako se govori i raspravlja o pozitivnom\/negativnom PCR testu. Na kojim principima se zasniva njegov rad i dokle se\u017eu granice njegove primene?PCR (Polymerase Chain Reaction) predstavlja lan\u010danu reakciju umno\u017eavanja odre\u0111enog segmenta DNK simuliraju\u0107i proces replikacije koji se normalno odvija u \u0107eliji i pri kome se od jednog […]<\/p>\n","protected":false},"author":9,"featured_media":672,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":[],"categories":[56],"tags":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/650"}],"collection":[{"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/users\/9"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcomments&post=650"}],"version-history":[{"count":10,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/650\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":677,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/posts\/650\/revisions\/677"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/media\/672"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fmedia&parent=650"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fcategories&post=650"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/mozaiq.mensa.rs\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Ftags&post=650"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}